经过杨友旺一行人与牡丹社人协商后，以钱币四五枚、布六匹、一、猪数及酒十瓮给予换补偿。又传闻有一逃跑之古岛人在竹社被捕，由邓天保及杨友旺面以酒换才将他救。牡丹社人返回四重溪上游的石门双溪时发现士佛人已经离开现场，牡丹社人就将54名死者的人砍下草，吊挂在树上，祭拜后带回牡丹社以及女社的颅架上作为祭品。生还的12人逗留杨友旺家共四十余日，到12月22日方才由杨阿才陪同离开恒到达凤山，由凤山官府的护送，至29日转达台湾府城，再由台湾府官船送达福州琉球馆乘船归国。至翌年6月才回到琉球那霸。54无尸则由邓天保集中葬在双溪河旁四座墓中，一座合葬十余名，由保力庄人林阿九负责理。后来又迁葬至统埔庄南郊，并供祀每年祭拜。骨由排湾族人依照他们的传统习俗带到落的骨架中摆祀。

翌日，邓天保赶到保力庄会见村长杨友旺，杨友旺得知屠杀事件，就和儿杨阿才、侄杨阿和跟邓天保回家。至石门双溪便见尸累累，此时又有两名古岛人求救，杨友旺即答应保护。来到邓家就见到多名牡丹社排湾族人迫老翁人。

但林义哲却知，在原来的历史中，后面发生的事便是清廷始料未及了。

日本官员伊地知贞馨、大山纲良、桦山资纪等得知古岛民遇害事件后就积极建议日本兵台湾。1873年2月，日本派遣外务卿副岛臣以“中国派遣特命全权大臣”的分前往中国，针对古岛人遇害事件试探清廷的态度。清朝总理衙门大臣吏尚书昶熙及尚书董恂答以遇害之古岛人皆已接受中国之抚恤及遣返理，此事件与日本无关。副岛臣则调琉球为其属地，并且问为何清朝不惩办台番，、董则以“生番不服王化”为理由推搪。“化外之民”的说法便成为日本兵台湾的依据！

在事件发生后，清廷照以前的惯例，钱抚恤遇难者家属，琉球国亦上表谢恩，由于是“化外之番”所为，本着息事宁人的神，清廷并未给予排湾族人以任何惩罚。

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日本吞并琉球的消息传到中国，给中国朝野上下造成了大的冲击。士大夫们叫嚷着要和日本开战，恢复琉球政权，他们普遍认为，如果能够使琉球复国，则不妨答应日本在商务方面“一均沾”的要求，以展示天朝宗主国的“宽容之度”；如果琉球不但不能复国，日本反而还多所要挟，则朝廷惟有厉兵秣与日本决战，以武力帮助琉球收复国土！

士大夫们不但表现得无比，而且还十分乐观地认为战之必胜：“挞伐之师理直气壮，当必有胜算独者；东瀛近来债负山积，兵气不扬，船则敝而不堪，兵虽而不盛，加以理曲气馁，何以御我？”请搜索，更好更新更快!

在填写众人姓名时，约三十名排湾族人追到，剥取古岛人的衣服、发簪，凌老生正在与排湾族领涉之际，排湾族人却将找到的古岛人分次带屋外杀死，这时其中一名被带去的琉球人新城朝宪全**地冲回院内叫其他人上逃走，以免被杀，说完后随即被杀。而包括仲本加奈、岛袋次良、岛袋在内无法逃的9人就躲在凌老生家。54人被杀后，牡丹社的排湾族人又赶到现场，继续追查逃走的12人。

后来日本兵台湾虽因沈葆桢带舰台涉而失败，但琉球却最终亡于日本之手。明治天皇密令大山纲良，以日本王政一新的名义，要求琉球遣使赴东京庆贺，明治天皇接见琉球国尚泰王派遣之使臣尚健、向有恒前往东京庆贺，琉球方面并不知日本之意图。明治天皇召见了使臣后，颁布了诏书，改琉球国为琉球藩，并册封尚泰为藩王。至1875年，日本琉球终止向中国朝贡，复在1879年迫使琉球国王尚泰移住东京，正式吞并琉球。

从文牍当中的记载来看，清廷只是把这件事当成一件很普通的“意外事件”行理，丝毫没有想过这一事件过后会带来什么。